Caracterización de los síndromes mielodisplásicos mediante secuenciación masiva y análisis de single cell

Resum

Los síndromes mielodisplásicos (SMD) constituyen un grupo de neoplasias hematológicas muy heterogéneo tanto a nivel clínico como a nivel genético. Si bien el diagnóstico se basa principalmente en el análisis morfológico y el cariotipo en menor medida, en la última década, varios estudios donde se ha empleado la secuenciación masiva dirigida (TDS) han demostrado que los datos moleculares podrían complementar dichas técnicas y contribuir principalmente a la estratificación pronóstica de los pacientes. Existe un subtipo de SMD que se asocia a una alteración citogenética concreta: los SMD con del(5q) aislada. Constituye el subgrupo de SMD mejor caracterizado y el tratamiento con lenalidomida ha demostrado ser eficaz en una gran proporción de estos pacientes. No obstante, también se han descrito alteraciones genéticas (mutaciones en TP53, cariotipo complejo) que se asocian a una mayor progresión de la enfermedad y una menor respuesta a la lenalidomida. Si bien los SMD con del(5q) aislada han sido ampliamente caracterizados en estudios previos mediante técnicas de secuenciación, no han sido estudiado mediante técnicas que permitan una compresión más detallada de la arquitectura clonal y el efecto que pudieran tener en ella ciertos fármacos. El objetivo general de la tesis fue la caracterización genética de los pacientes con SMD empleando principalmente dos técnicas: la secuenciación masiva (Trabajo I) y el análisis de single cell (SC) (Trabajo II). La muestra más adecuada para el estudio molecular en estos pacientes es la médula ósea (MO). La obtención de dicha muestra supone un procedimiento invasivo y doloroso para el paciente y, en ciertos casos, no es posible obtener un material óptimo para su estudio. Por el contrario, la sangre periférica (SP) puede ser obtenida de manera mínimamente invasiva por venopunción y constituiría una fuente ideal para el seguimiento secuencial a lo largo del curso de los SMD. Por ello, el Trabajo I se centró en evaluar la utilidad de emplear las muestras obtenidas a partir de SP como material alternativo para el estudio genético en los SMD. El Trabajo II se enfocó en el estudio de cuatro pacientes con SMD con del(5q) aislada. En primer lugar, se llevó a cabo una caracterización molecular de estos pacientes y a partir de estos estudios, se seleccionaron una serie de alteraciones para cada paciente que, posteriormente, se estudiaron mediante el análisis de SC de células madre progenitoras hematopoyéticas en muestras secuenciales. Los resultados de este análisis fueron correlacionados con las características clínicas, citológicas, citogenéticas y la evolución clínica de los pacientes, incluyendo la respuesta al tratamiento en aquellos pacientes tratados con lenalidomida. La caracterización genética llevada a cabo mediante TDS en una cohorte de pacientes con SMD, a partir de muestras de SP y MO muestra que: *El uso de la fracción CD34+ enriquecida a partir de muestras de SP provee datos equivalentes, y por lo tanto resultados comparables, a los de la MO mediante TDS. *El uso de SP-CD34+ como material alternativo para el análisis mediante TDS facilitaría la toma de muestra periódica para un seguimiento y monitorización frecuente, siendo especialmente útil en casos de SMD que cursan con hipocelularidad o fibrosis medular. La caracterización genética llevada a cabo mediante el análisis de SC en un grupo de pacientes con SMD con la del(5q) aislada, muestra que: *El análisis de SC permitió llevar a cabo un estudio más preciso al diagnóstico y durante el curso de la enfermedad de las alteraciones detectados previamente mediante técnicas convencionales. *La del(5q) suele representar un evento ancestral en pacientes con SMD con del(5q) aislada. Sin embargo, el orden de adquisición de las alteraciones genéticas es variable, pudiendo una misma alteración aparecer como un evento ancestral en un paciente y en otros como un evento secundario. En concreto, en este trabajo, se observó dicha variabilidad con la del(5q) y la mutación del gen TP53. *En general, los pacientes con SMD con del(5q) aislada no presentan una gran heterogeneidad intratumoral ni presentan cambios muy drásticos en la arquitectura clonal.